Komisi Informasi Pusat menyediakan layanan pengajuan keberatan yang dapat diakses secara online maupun offline. Dalam mengajukan keberatan, Pemohon telah memiliki tujuan dan alasan yang jelas—seperti adanya penolakan pengecualian informasi, informasi berkala tidak disediakan, permintaan tidak ditanggapi/dikabulkan, ketidaksesuaian respon, biaya tidak wajar, atau penyampaian yang melebihi batas waktu. Berbekal alasan tersebut, pemohon dapat mengajukan keberatan yang ditujukan langsung kepada Atasan PPID.

Selanjutnya, Atasan PPID wajib memberikan tanggapan atas keberatan yang diajukan dalam jangka waktu maksimal 30 hari kerja. Tahap akhir adalah Pemohon menerima tanggapan dari Atasan PPID; jika pemohon merasa puas dengan tanggapan tersebut, maka proses keberatan dinyatakan selesai. Namun, jika pemohon masih merasa tidak puas dengan respon Atasan PPID, pemohon berhak melanjutkan proses hukum dengan mengajukan Permohonan Penyelesaian Sengketa Informasi kepada Komisi Informasi terdekat